Özel yetkili mahkeme kavramı Ceza Muhakemesi Kanunu’nun 250, 251 ve 252. maddesine dayanmaktadır. Mahkemelerin "Özel Yetkili" olmasının anlamı Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu tarafından Ceza Muhakemesi Kanunu’nun 250 vd. maddeleri uyarınca yapılacak yargılamalarla görevlendirilmiş mahkemeler olmalarıdır.
Özel yetkili mahkemeler haksız bir ekonomik çıkar sağlamak maksadıyla kurulan örgüt faaliyetleri çerçevesinde cebir ve tehdit uygulanarak işlenen suçlar ile Ceza Kanunu’nun İkinci Kitap, Dördüncü Kısmın dört, beş, altı ve yedinci bölümünde tanımlanan suçlar ile ilgili yargı görevini yerine getirmekle görevlendirilmiştir. Örgüt faaliyetleri kapsamında işlendiği iddia olunan suçlarda cebir ve tehdit uygulanmış ise suç tipi ne olursa olsun özel yetkili mahkemeler görevli kılınmıştır. Mahkemelerin ikinci görevi daha nitelikli, uzmanlık gerektiren ve ciddi bir soruşturma süreci gerektiren suç tiplerini yargılamaya yöneliktir.
Devletin Güvenliğine Karşı Suçlar (Devletin Birliğini ve Ülke Bütünlüğünü Bozmak, Düşmanlı işbirliği yapmak, Devlete karşı savaşa tahrik…gibi), Anayasal Düzene ve Bu Düzenin İşleyişine Karşı Suçlar (Cebir ve tehdit kullanarak Anayasayı ihlal, Cumhurbaşkanına suikast ve fiili saldırı, Yasama organına karşı suç, hükümete karşı suç…), Milli Savunmaya Karşı Suçlar (Askeri komutanlıkların gasbı…), Devlet Sırlarına Karşı Suçlar özel yetkili mahkemeler tarafından yargılanır. Özel yetkili mahkemeler bu yönüyle bir bakıma ihtisas mahkemesi olarak değerlendirilebilir.
Özel yetkili mahkeme "talimat alan mahkeme" değildir. Aynı şekilde özel yetkili mahkeme "verilen görevi istenildiği şekilde yerine getiren mahkeme" de değildir. Teorik ve yasal olarak tıpkı diğer mahkemeler gibi bağımsızdır, delil durumuna ve nihayetinde vicdani kanaate göre karar verirler.
Özel yetkili mahkeme işlev ve önem itibariyle örnekleri olmayan, yeni ihdas edilmiş bir mahkeme türü değildir. İstiklal Mahkemeleri bir nevi özel mahkemedir ve bugünküne nazaran çok daha şedittir. Temyiz mercii yoktu. Karar derhal infaz edilirdi. Üstelik savaştan sonra da siyasi nedenlerle birçok tartışmalı idam kararına imza atmıştır. Bugün dahi bu mahkemelerin rejimin keskin kılıcı olduğu yönünde bazı tartışmaları duyuyoruz.
Tabii ki özel yetkili mahkeme meselesi önceden bu vardı şimdi de bu var şeklinde bir basit algıyla değerlendirilemez, adaletsizliğe kılıf aranamaz. Değil özel yetkili mahkeme kira alacağıyla ilgilenen sulh hukuk mahkemesi dahi olsa adaletsizliğe müsamaha gösterilemez.
30 Haziran 2004 Tarihinde kaldırılan Devlet Güvenlik Mahkemelerinde görülen davalarla ilgili yürütülen soruşturmalar, bu süreçte geçerli olan gözaltı süreleri, müdafii yardımından faydalanma hakları göz önüne alındığında özel yetkili mahkemelerin kurulması ile birlikte bir geriye dönüşün söz konusu olmadığı görülmektedir. Gerçekten de özel yetkili mahkemeler Devlet Güvenlik Mahkemelerinin ne çok gerisindedir ne de çok ilerisindedir.
Ancak özel yetkili mahkemelerin Türkiye’de yargılanmama imtiyazına sahip olduğu düşünülen kişileri yargılamaya başlaması ile birlikte bir anda adil yargılanma hakkı ülke gündeminin en önemli konularından birisi haline gelmiştir. Ülkede adil yargılanma hakkının önemli bir gündem maddesi haline gelmesi şüphesiz güzel bir gelişmedir ve bir ilericilik adımıdır. Ancak bu kesimin yıllarca Yüksek Askeri Şura kararlarına karşı yargı yolunun kapanmış olmasını zerre kadar umursamadığı, İdare mahkemeleri, Danıştay ve Anayasa Mahkemesi tarafından verilen trajik, trajikomik, ibretlik kararları yargının asli görevi olarak görmüş oldukları ve Türkiye’nin adalet gibi bir sorunu olduğunu akıllarına dahi getirmemeleri de unutulacak bir hata değildir.
Ta ki ateş kendilerine de dokundu ve adalete muhtaç olduklarını gördüler. Bu kez sesleri gür çıkmaya başladı. Bu zihniyetin yargıya bakışı ideoloji ve siyasetin tetikçiliğinden öteye geçmemekteydi. Hakimin adaletlisinden ziyade itaat edeni makbuldü.
Keşke böyle olmasaydı ve Türkiye Cumhuriyeti ta kuruluşundan bu yana hukukun üstünlüğüne ve eşitliğe kadrolaşma ve militanlaşmadan daha çok önem vermiş olsaydı.
Bugünkü muktedirler için de geçerli olan husus şudur ki "Adalet herkese lazımdır ve en az ekmek kadar kutsaldır. Siyasi kimliği ve geçmişi kim olursa olsun herkesin adil yargılanma hakkı doğuştan var kabul edilir."
